WIKI sagt:
Der Begriff Kotflügel selbst entstand in einer Zeit, in der noch Kutschen das Straßenbild beherrschten. Die damals meist offenen und von Pferden gezogenen Wagen wurden mit Abdeckungen über den Rädern ausgestattet, die von ihrer geschwungenen Form her entfernt an die Flügel von Vögeln erinnerten. Kot heißt ursprünglich Dreck, Schmutz.
Der Sinn dieser Abdeckungen bestand darin, dass die Räder der Kutschen den Straßenkot (früher für Straßenschmutz) nicht direkt in den Innenraum der Kutsche schleudern konnten. So wurde durch diese "Flügel" verhindert, dass der Straßenkot die Insassen beschmutzte.