Es gibt auch noch seichte Inkompatibilitäten im Dateiaustausch zwischen Windows und Lunix über die NAS. Aber das Jahr ist noch lange und viel Zeit zum spielen.
Linux kann natürlich auch Windows Freigaben (sprich: SMB) einbinden. Am einfachten wäre es, die Windows Freigabe vom NAS automatisch von Linux einbinden (mounten) zu lassen. Hierzu braucht es nur ein leeres Verzeichnis als Mountpoint und einen Eintrag in der Datei /etc/fstab für jede Windows Freigabe. Google mal nach "Linux mount smb share". Da findest Du reichlich Futter.
Das hier im Detail zu beschreiben würde etwas zu weit führen. Es gibt da verschiedene Ansätze, wie man die Anmeldung an eine SMB Freigabe dann durchführt. Username/Kennwort im Klartext direkt in der fstab. Oder über ein credential file aus dem User Verzeichnis. Oder aus dem Password Safe.
Ein Tip noch:
Es kann durchaus sinnvoll sein, wenn man das Home Verzeichnis (also /home) in eine extra Partition legt. Der Grund ist folgender: Im home Verzeichnis der User werden nicht nur alle Daten (sprich: Dokumente, Bilder, Downloads, etc.) abgelegt, sondern dort speichern die jeweiligen Programme auch ihre Einstellungen.
Wenn man nun aus irgendwelchen Gründen Linux mal neu installieren will/muß (z.B. bei einem Major Update), dann bleibt das home Verzeichnis davon unberührt, weil es ja auf einer eigenen Partition liegt.
Nach der Neuinstallation bindet man das alte home Verzeichnis wieder ein, installiert die vormals installierten Programme und ....tadaaa...alle Programme haben noch ihre alten Einstellungen. Kein lästiges Neukonfigurieren jeder Anwendung.